เรื่องย่อ Ben 10 ซีซั่น 3 ในปี 2006 คือการเดินทางของเบนที่ต้องเผชิญหน้ากับอุปสรรคที่ซับซ้อนยิ่งขึ้น โดยในตอนแรก “Ben 10000” เบนและเกวนถูกดึงตัวไปในโลกอนาคตปี 2026 และได้พบกับเบนที่โตเป็นผู้ใหญ่แล้ว ซึ่งสอนให้เขาเห็นคุณค่าของครอบครัวและไม่ยึดติดกับตัวเองมากเกินไป นอกจากนี้ยังมีความขัดแย้งในความสัมพันธ์ของเบนกับปู่แม็กซ์จากเหตุการณ์ในวันเกิดที่ไม่ได้ซื้อเค้กให้ ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองเริ่มแย่ลง